Details for gene set REGULATION_OF_TRANSCRIPTIONDNA

Table: GSEA Results Summary

Dataset	RNR_GSEA_DESEQ2_PVAL
Phenotype	NoPhenotypeAvailable
Upregulated in class	na_neg
GeneSet	REGULATION_OF_TRANSCRIPTIONDNA_DEPENDENT
Enrichment Score (ES)	-0.07820407
Normalized Enrichment Score (NES)	-1.9722934
Nominal p-value	0.00952381
FDR q-value	0.13808389
FWER p-Value	0.838

Table: GSEA details [plain text format]
	PROBE	RANK IN GENE LIST	RANK METRIC SCORE	RUNNING ES	CORE ENRICHMENT
1	HOXC5	31	1.000	0.0005	No
2	GLIS3	69	0.999	0.0007	No
3	SNW1	142	0.995	-0.0011	No
4	XRCC6	170	0.993	-0.0004	No
5	POLR2K	207	0.991	-0.0001	No
6	FOXE1	298	0.985	-0.0029	No
7	E2F1	426	0.976	-0.0077	No
8	HDAC5	446	0.975	-0.0065	No
9	EPC1	517	0.971	-0.0081	No
10	HELLS	545	0.970	-0.0074	No
11	CREG1	583	0.968	-0.0072	No
12	SCRT1	612	0.966	-0.0066	No
13	ZHX2	632	0.965	-0.0054	No
14	MMS19	649	0.964	-0.0041	No
15	IKZF3	739	0.960	-0.0068	No
16	ARHGEF11	761	0.959	-0.0057	No
17	SUPT3H	792	0.957	-0.0052	No
18	PATZ1	814	0.957	-0.0041	No
19	TCEB3	834	0.956	-0.0029	No
20	EZH2	908	0.952	-0.0048	No
21	ZNF35	947	0.950	-0.0046	No
22	MNAT1	1100	0.941	-0.0108	No
23	HNF4A	1101	0.941	-0.0086	No
24	ILF3	1105	0.941	-0.0065	No
25	IL4	1315	0.929	-0.0158	No
26	DEK	1317	0.929	-0.0137	No
27	PBX1	1366	0.926	-0.0141	No
28	RBM14	1450	0.922	-0.0165	No
29	MDFI	1456	0.922	-0.0145	No
30	NEUROG1	1547	0.917	-0.0173	No
31	ABL1	1642	0.912	-0.0202	No
32	INHBA	1714	0.908	-0.0219	No
33	SMARCB1	1763	0.905	-0.0224	No
34	TCEB1	1783	0.904	-0.0212	No
35	GSC2	1786	0.904	-0.0191	No
36	MAML1	1792	0.904	-0.0172	No
37	TCF25	1805	0.903	-0.0156	No
38	TFAM	1836	0.902	-0.0151	No
39	LMX1B	1841	0.901	-0.0131	No
40	ENO1	1908	0.898	-0.0145	No
41	ZHX3	1931	0.896	-0.0135	No
42	CEBPG	2055	0.889	-0.0181	No
43	HTATSF1	2080	0.888	-0.0172	No
44	RUVBL1	2110	0.887	-0.0166	No
45	TRIM28	2141	0.885	-0.0160	No
46	BRD8	2187	0.883	-0.0163	No
47	HIF1A	2212	0.882	-0.0154	No
48	VPS4B	2224	0.881	-0.0138	No
49	TFAP2C	2265	0.879	-0.0138	No
50	ZNF146	2399	0.872	-0.0189	No
51	TNP1	2524	0.865	-0.0235	No
52	ING2	2562	0.864	-0.0233	No
53	TCF15	2574	0.864	-0.0217	No
54	AFAP1L2	2641	0.860	-0.0232	No
55	RBAK	2660	0.858	-0.0219	No
56	VHL	2666	0.858	-0.0200	No
57	SREBF2	2676	0.858	-0.0183	No
58	FST	2695	0.856	-0.0171	No
59	TGFB1	2701	0.856	-0.0152	No
60	ZBTB32	2731	0.855	-0.0145	No
61	RUNX1	2744	0.854	-0.0130	No
62	UBTF	2786	0.852	-0.0130	No
63	SOX21	2807	0.851	-0.0119	No
64	FOXK2	2809	0.851	-0.0098	No
65	TBX21	3021	0.838	-0.0192	No
66	NFYC	3102	0.833	-0.0214	No
67	GLI2	3107	0.833	-0.0194	No
68	TSC22D3	3118	0.832	-0.0177	No
69	SUPT5H	3126	0.832	-0.0159	No
70	EDF1	3161	0.829	-0.0156	No
71	EHF	3182	0.828	-0.0145	No
72	MLLT6	3215	0.826	-0.0140	No
73	RNF4	3268	0.823	-0.0147	No
74	YY1	3293	0.822	-0.0138	No
75	GATAD2A	3411	0.817	-0.0180	No
76	KLF4	3418	0.816	-0.0161	No
77	POLR2L	3521	0.811	-0.0195	No
78	TFCP2	3662	0.803	-0.0250	No
79	ERCC3	3723	0.799	-0.0261	No
80	SMARCA1	3760	0.797	-0.0259	No
81	MXD4	3804	0.795	-0.0261	No
82	POU4F2	3829	0.794	-0.0252	No
83	PCBD2	3845	0.793	-0.0238	No
84	TCF19	3867	0.792	-0.0227	No
85	SNF8	3889	0.790	-0.0217	No
86	SRCAP	3908	0.789	-0.0205	No
87	POU5F1	3950	0.787	-0.0205	No
88	SMARCD1	3975	0.786	-0.0196	No
89	NFYB	4000	0.785	-0.0187	No
90	FOXO1	4007	0.784	-0.0169	No
91	STAT2	4012	0.784	-0.0149	No
92	JUND	4090	0.779	-0.0169	No
93	ELL3	4120	0.778	-0.0163	No
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99	GCM1	4390	0.763	-0.0176	No
100	UBN1	4423	0.761	-0.0171	No
101	MTF1	4436	0.761	-0.0156	No
102	GFI1	4438	0.761	-0.0134	No
103	ELP4	4538	0.756	-0.0167	No
104	GATA1	4708	0.746	-0.0237	No
105	TRAK1	4741	0.745	-0.0233	No
106	ZNF593	4768	0.743	-0.0225	No
107	TCF7L2	4860	0.737	-0.0253	No
108	ESRRG	4918	0.734	-0.0262	No
109	TBX22	4980	0.729	-0.0274	No
110	HMGB1	4994	0.729	-0.0259	No
111	NUFIP1	5075	0.725	-0.0281	No
112	HDAC8	5125	0.721	-0.0286	No
113	RPS6KA5	5186	0.717	-0.0297	No
114	ING4	5238	0.714	-0.0303	No
115	MED6	5255	0.713	-0.0290	No
116	ERF	5280	0.712	-0.0281	No
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121	TRIM27	5623	0.695	-0.0356	No
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123	SP2	5821	0.685	-0.0420	No
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125	NOTCH4	5844	0.684	-0.0387	No
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172	SMAD4	8193	0.557	-0.0616	No
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180	CALR	8687	0.529	-0.0707	Yes
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208	ABCA2	9542	0.483	-0.0544	Yes
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210	RNF14	9615	0.479	-0.0539	Yes
211	PPARD	9641	0.478	-0.0530	Yes
212	MED27	9672	0.475	-0.0525	Yes
213	SPI1	9674	0.475	-0.0503	Yes
214	FOXF2	9682	0.475	-0.0485	Yes
215	CRTC1	9685	0.475	-0.0464	Yes
216	ELK1	9701	0.474	-0.0450	Yes
217	SUB1	9725	0.472	-0.0441	Yes
218	GLI1	9732	0.472	-0.0422	Yes
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221	TRERF1	9831	0.465	-0.0409	Yes
222	CIR1	9902	0.462	-0.0425	Yes
223	FOXD3	9975	0.457	-0.0443	Yes
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227	BRIP1	10240	0.442	-0.0498	Yes
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229	PLAGL1	10301	0.439	-0.0486	Yes
230	HDAC4	10303	0.439	-0.0465	Yes
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249	NSD1	11126	0.395	-0.0487	Yes
250	FOXO4	11169	0.392	-0.0488	Yes
251	UBP1	11200	0.391	-0.0483	Yes
252	PBX3	11253	0.388	-0.0489	Yes
253	MNX1	11268	0.387	-0.0475	Yes
254	PFDN5	11291	0.386	-0.0465	Yes
255	SMAD3	11310	0.384	-0.0453	Yes
256	HCLS1	11334	0.383	-0.0444	Yes
257	KLF11	11368	0.381	-0.0440	Yes
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